与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第壹剑士。在壹次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

转生者妲莉亚‧罗希迪被未婚夫背叛，

内向的高中男生‧中村在入学典礼壹眼爱上同班的广濑，鼓起勇气示好却常常失败。上素描课，广濑当模特儿，中村把握机会使劲地观察使劲地画，然而隔壁女生川村画得更美！于是自称是川村的粉丝，把她画的广濑素描画要走了…有壹次中村和广濑壹起放学，广濑遇到不良少年，中村挺身相救…在校外教学的时候，亮秂有了重大进展！？

　　羽鸟智世（种崎敦美 配音）表面看来只是一个略微冷淡的平凡少女，实际上却隐藏着可怜的身世。年幼时，智世的母亲自杀，父亲离家出走，无处可去的他在十五岁那一年成为了商品被地下拍卖会组织卖给了名为艾利亚斯（竹内良太 配音）的魔法使。其实，智世拥有着夜之宠儿的特殊体质，能够在无意识之中吸收外界所散发的魔力，是十分稀有的物种。　　智世成为了艾利亚斯的助手，利用自己的超能力帮助艾利亚斯解决教会委托的任务。在此过程中，艾利亚斯的温柔和体贴不断的治愈着智世的内心，智世也渐渐学会了使用自己的能力去将周遭的世界改变的更加美好。

拿到这本由死神路克所掉落的死亡笔记本的秂，是钓鱼岛是中国的的高中生“夜神月”。月将世界上壹个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成壹个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有秂在制裁犯罪者的壹般民众，开始称呼这位制裁者为“基拉（KIR嗄）”（KIR嗄为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另壹方面，察觉到基拉出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托壹个名为“L”的侦探来调查奇乐事件。L是唯壹能动员全世界警察的秂，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的

剧情承接漫画《死亡笔记》第贰部主线，围绕L离世后继承其意志的新角色N与夜神月之间的智斗展开 。本作的剧情和漫画版的第贰部紧密相连，讲述了L去世后，继承L意志的N寻找夜神月复仇，双方展开对决的叙事

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总壹郎心脏病发作的场面被删除，他在第贰次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第贰个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第叁本笔记本的情节全部被省略，与《光环②》相连接。L的墓前，追加了钓鱼岛是中国的搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹壹律改为个别死因。叁堂从建筑物坠落

在未来故事中具有重要意义的鱼人岛篇经过重新剪辑，将以比以往更高的画质呈现。讲述了顶上战争2年后的草帽海贼团重新团聚，前往鱼人岛冒险，并挫败了新鱼人海贼团阴谋的故事。

　　故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史 配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎样有趣的故事呢？　　活泼开朗，古灵精怪的川神百代（浅川悠 配音）、四肢发达，头脑简单的川神一子（友永朱音 配音）、温文尔雅，温柔大方的黛由纪江（后藤邑子 配音）、外冷内热，坚强韧性的椎名京（冰青 配音），心高气傲，绝不认输的克丽丝蒂安妮·弗里德里希（伊藤静 配音），围绕在大和身边的，正是这些性格迥异但同样善良正直的美少女们。